阿笠博士家地下室里，三个出身不同，但有着相同目标的青年——其中混进了个伪男孩真少年——凑在一台电脑前，眼睛眨也不眨地盯着屏幕上飞快刷新的数据流，生怕错过一丁点有价值的信息。
安室透十指敲击着键盘，灵巧若蝶，速度却快得隐约可见残影，追逐着不断变化的密文，满头大汗地跟时间赛跑。
柯南和赤井秀一放轻呼吸，尽可能不让任何外界因素打扰他的思绪。这份密文对fbi和日本公.安至关重要，无论如何他们都必须破译出来。
如此努力半晌，安室透突然长吐一口气，绷紧如弦的背脊猛然放松下来，与此同时，屏幕上乱码般毫无章法的符号重整排列，自动解析成两个文件，安安静静出现于桌面上。
第一个文件名：考研专用学习资料。
第二个文件名：三男一女同行记事。
柯南、安室透、赤井秀一：“……”
“……你解析出了什么东西？”柯南推了推滑下鼻梁的眼镜，黑线几乎从额头垂到脚背。
安室透擦擦汗，看到那两个奇葩的文件名，嘴角不由得一抽：“这只是其中一部分……可能我解析到他用以掩盖机密的无用资料了。”
赤井秀一“……”了一会儿，莫名想起前天琴酒给自己打的电话，心念一动，点开了两个文件：“我倒觉得不是。琴酒之所以留下机密文件又将其加密，为的是替自己争取离开的时间，毕竟他现在已经算是叛离黑衣组织。这两个名字，应该也是他混淆我们视线的一种手段。”
说到“叛离黑衣组织”这句，三人相互对视一眼，表情都有些微妙，尤其是赤井秀一。
他潜伏于组织那段时间里，除去让他遗憾至今的宫野明美，给他印象最深的莫过于琴酒对组织的忠诚。可以说，哪怕是目前放在明面上的组织二把手贝尔摩德，都没有他这种近乎狂热的忠诚。贝尔摩德还会被工藤新一和毛利兰打动，而他，似乎没有任何东西能够被他放在心上，即使曾与他有关暧昧的贝尔摩德或宫野志保。
所以赤井秀一实在想象不出，组织到底对琴酒做了什么，才会导致他失望到叛逃，甚至不惜将机密资料交给他们以重创组织的地步。
赤井秀一当然不知道，聪明如柯南也绝对猜不出，他们就是造成琴酒的叛离的最后一根稻草，而同时，他们也不会想到琴酒此前过的是什么样的日子。
那个使他们忌惮不已的组织里，其实充斥着各类内奸、叛徒、猪队友和琴酒，琴酒就是组织建设的一块砖，哪里需要往哪里搬。但砖也是会累的，当他的付出一次次被忽视，他的心血一次次付诸东流，再多的忠诚也会被消磨殆尽。
琴酒本是冷酷之人，如果连维系着他与组织的忠诚都已消失，那组织还有什么可留得下他？
可惜这些事，在各自擅长的领域智计若妖的这三位是决计想不到，也理解不了的。
文件顺利打开，没有像安室透担忧的那样使用多重密文二度加密，逗比的名字下，显现出的却是桩桩件件沾满鲜血，令人触目惊心的犯罪记录。
残忍的人体实验，血腥的暴.力扩张，胆大包天的军.火走.私……
三人越看越是浑身冰冷，而心头则燃起一簇名为愤怒的火焰。这些记录里每一条单独拎出去都够让始作俑者牢底坐穿，而这，不过是安室透破译出的一小部分而已。
那个笼罩在迷雾中的神秘组织，终于向他们露出了真容一角，但它的真容，却比他们想象的要可怕十倍，代表了更深沉的黑暗。
忍着怒火看完两份文件，他们不约而同长舒一口气。
“安室，你继续破译剩下的文件。”赤井秀一直起身，从兜里掏出手机打算看看时间，却意料之外地收到了他拜托别人查询的东西的回信，话到嘴边转了个弯，“我去找个人。”
“谁？”安室透一手敲键盘，另一手端着水杯问道，问完才喝了口水。
“琴酒。”
“噗——”那口水顿时全喂了电脑。
……
旅馆里，琴酒把自己的爱.枪——伯.莱塔擦拭干净，再装上满匣子弹，随意一转，塞进了口袋。
坏人当久了，身上要没把趁手的武器，他还挺不习惯。
正想着，他刚把桌上的工具收拾好，一旁的手机便欢快震动起来。非常剧烈的震动，连带着整张桌子都嗡嗡作响，手搭上去能被震麻的那种。
不知为什么，虽然琴酒没看手机，却十分肯定这震动跟宇宙减刑基金会有关。
果不其然，一滑开锁屏，一条发件人为“宇减基会长”的信息跳了出来。
宇减基：宇宙减刑基金会缩称，同时也是其会长的姓名。
碱基……我还氨基酸呢。
默默在心里吐槽一句，琴酒点开信息，几个粗体加黑的句子便仿佛弹幕一般以龟爬的速度慢悠悠滑过屏幕。
人间版任务：你的宿敌需要你。
具体要求：
1.从暴走的企鹅大王手中救下你的宿敌赤井秀一。
2.从暴怒的宿敌先生.枪.口下拯救无辜的企鹅大王。
3.给懵逼的宿敌先生一个合理的解释，包括并不限于企鹅大王的暴走原因，你为什么会出现在这里。
琴酒：“……”
他们是怎么扯上的关系？
所以企鹅大王又做错了什么？
第4章 绿帽道长需要你
那么，赤井秀一和企鹅大王发生了什么故事呢？